聚氨酯密封膠也有一些缺點。如:不能長期耐熱;淺色配方容易受紫外光老化;單組分膠貯存穩定性受包裝及外界影響較大，通常固化較慢;高溫熱環境下可能產生氣泡和裂紋;許多場合需要底涂。同時聚氨酯密封膠耐水性也較差，特別是耐堿水性欠佳。