巴氏殺菌法的產生來源于巴斯德解決啤酒釀出后變酸的努力。當時，法國釀酒業面臨著一個令人頭疼的問題，那就是啤酒在釀出后會變酸，根本無法飲用。而且這種變酸現象還時常發生。巴斯德受人邀請去研究這個問題。經過長時間的觀察，他發現使啤酒變酸的罪魁禍首是乳酸桿菌。營養豐富的啤酒簡直就是乳酸桿菌生長的天堂。采取簡單的煮沸的方法是可以消滅乳酸桿菌的，但是，這樣一來啤酒也就被煮壞了。巴斯德嘗試使用不同的溫度來消滅乳酸桿菌，而又不會破壞啤酒本身。最后，巴斯德的研究結果是：以50~60攝氏度的溫度加熱啤酒半小時，就可以消滅啤酒里的乳酸桿菌和芽孢，而不必煮沸。這一方法挽救了法國的釀酒業。這種殺菌法也就被稱為“巴氏殺菌法”。

當今使用的巴氏殺菌程序種類繁多。“低溫長時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。“高溫短時間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。“快速巴氏殺菌”主要應用于生產酸奶乳制品。

國際上通用的巴氏高溫殺菌法主要有兩種：

一種是將牛奶加熱到62~65℃，保持30分鐘。采用這一方法，可消滅牛奶中各種生長型致病菌，殺菌效率可達97.3%~99.9%，經殺菌后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌多數是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。

第二種方法將牛奶加熱到75~90℃，保溫15~16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，能將病原菌消滅即可，溫度太高反而會有較多的營養損失。