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一個人有23對（46條）染色體，同一對染色體同一位置上的一對基因稱為等位基因，一般一個來自父親，一個來自母親。如果檢測到某個DNA位點的等位基因，一個與母親相同，另一個就應與父親相同，否則就存在疑問了。
利用DNA進行親子鑒定，只要作十幾至幾十個DNA位點作檢測，如果全部一樣，就可以確定親子關系，如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關系，有一兩個位點不同，則應考慮基因突變的可能，加做一些位點的檢測進行辨別。DNA親子鑒定，否定親子關系的準確率幾近100%，肯定親子關系的準確率可達到99.99%。
DNA親子鑒定主要通過以下特征來判定
體細胞穩定性：同一個體的血液、唾液、精液以及各器官組織DNA是一致的，并且對同一健康人來說是終生不變的，這是最基本的前提。
個體高度特異性：不同個體DNA 分子水平上遺傳本質的差異，決定了同一種限制酶消化基因組DNA ，某一個體與另一個體的等位基因片段在數量和長度上是不可能相同的，從而產生具有個體特異性的DNA 。
按孟德爾遺傳規律遺傳：通過大量的家系調查證明，子代DNA 中所有等位基因帶都可以在雙親的DNA中找到，片段的傳遞符合孟德爾遺傳規律。
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