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葉綠素是植物光合作用中的重要光合色素，可分為a、b、c、d四類。葉綠素不溶于水，而溶于有機溶劑，葉綠素a存在于所有的浮游植物中，大約占有機干重的1%～2%。葉綠素a本身對環境沒有危害，但它是估算浮游植物生物量的重要指標，可以通過測定水中浮游植物葉綠素a的含量，掌握水體的初級生產力情況和富營養化水平，在環境監測中，葉綠素a含量是評價水體富營養化的指標之一。
在植物性水華現象發生初期，由于植物的光合作用，水體會出現高葉綠素a、高溶解氧、高化學耗氧量。這種環境因素的改變，致使一些生物不能正常生長、發育、繁殖，導致一些生物逃避甚至死亡，破壞了原有的生態平衡。因此監測水中的葉綠素a,藍綠藻的含量，是對水質監測的重要指標。
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